一：矫正不足或过度矫正，手术后仍残留近视或是超过预期的矫正度数变成远视。
二：畏光，在手术后三到六个月内对光线的敏感度增加，但多会在六个月后逐渐消失，极少病例会持续下去。
三：眩光和复视，手术初期较常见，尤其夜间瞳孔变大较会发生，大部分会慢慢消失，只有少部分会持续下去。
四：手术中的合并症，多数是是角膜瓣切割不良，如切割不完全或切割不平整，只要将角膜瓣复位即可恢复，三个月后可再次手术。
五：表皮愈合不良。
六：角膜浑浊。
七：角膜瓣皱褶或移位。
八：角膜瓣下杂质和表皮入侵，轻微者不影响视力，严重者需翻开角膜瓣将其取出。
九：感染，因手术或手术后不适应使伤口受到病菌感染几率很低，只要早期发现，多数可用药物控制。
十：干眼症，雷射术后泪水分泌会减少可能产生干眼症状或使得原本干眼的人症状加重，需补充人工泪水治疗约三到六个月后才可以改善。
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